بزرگ ترین جمعت نینجاها درسوم نوامبر۱۵۸۱ میلادی اتفاق افتاد. در آن روز اُدا نوبونگا قدرتمندترین رهبر نینجا ارتشی ۴۰ هزار نفره را در برابر حدود ۴ هزار نینجا که کنترل ایالت ایگا ( در حال حاضر مه یی) را در اختیار داشتند، رهبری کرد. نبردی که تنها تعداد انگشت شماری از نینجاهای ایگا از آن جان سالم به در بردند.
از آن به بعد نینجاها توانستند با سازمان منسجمی که ایجاد کرده بودند، قدرت پلیسی مطلق را در ادو (توکیو امروزی) و دیگر شهرهای ژاپن در دست داشته باشند.
یکی از رهبران یامابوشی ها تلاش کرد که بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتوایسم صلح ایجاد نماید که نتیجه آن سرازیر شدن جنگجویان دولتی برای سرکوبی یاموبوشی ها شد. البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشی ها یا نینجاها به تکمیل فنون رزمی و جنگی خود که بوسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می کردند بپردازند. در سال ۱۱۹۲ با شروع دوران فئودال ژاپن تعدادی از طوایف فامیلی نینجاها منشعب شدند و به چریکهای حرفه ای و نیروهای سری تبدیل شدند که به استخدام اربابان ایـالات مختلف (دایمیوها) در می آمدند. در بین سالهای ۱۱۹۲ و ۱۳۳۳ بعد از میلاد تعداد مکتبهای نینجا به ۲۵ مکتب با تکنیک های خاص خود رسید. در اکثر این سالها دو ایالت (کوگا و ایگا) در ژاپن توسط نینجاها اداره می شد.
نینجاخانواده های (هاتوری، موموچی، و فوجی بایاشی) از معروف ترین خانواده های نینجا بودند. از تحقیقات بدست آمده عقیده بر این است که هنر رزمی نینجوتسو ریشه در قلب تاریخ کهن چین و ژاپن دارد، عقاید و نظرات فراوانی از شروع و گسترده شدن این هنر رزمی درجهان وجود دارد. هنر رزمی نینجوتسو با قدمت ۸۰۰ ساله ریشه در تاریخ دارد و در حقیقت هنری است که مسئولیت پذیری را می طلبد. یک هنرجوی نینجوتسو برای پیروز شدن نیازمند اصول اولیه است که از جمله برخورداری از روحی قوی، قلبی آزاد، هوشی سرشار، روحیه مبارزه طلبی و شرایط روحی عالی و تمرکز حواس میباشد . نینجاها یک سیستم و نظم خاص و دقیقی داشتند که توسط یک رهبر که به آن (جونین) می گفتند اداره می شد و به کسانی که به نینجاها ماموریت می دادند (چونین) می گفتند. به طبقات پائین تر که ماموریت انجام می دادند (جینین) می گفتند . جینین ها در واقع هیچگاه دستورات را بطور مستقیم از جونین دریافت نمی کردند بلکه چونین ها بعنوان واسطه بین جونین و جینین ها عمل می کردند و دستورات و پیامهای جونین را به جینین ها می رساندند.
نینجوتسوجینین ها برای انجام ماموریت با طرز استفاده اغلب سلاحهای زمان خود آشنائی کامل داشتند و روانشناسی جامعه را بخوبی می دانستند و با همدیگر از طریق رمز ارتباط داشتند. اگر احیانا یک نینجا به دام می افتاد و اسیر می شد (که بسیار کم رخ می داد) مردم او را زجر فراوان می دادند تا بتوانند اسرار آنها را بدست آورند. بعضی از خانواده های نینجا به دلیل جنگ داخلی (دایموها) به قدرت و نفوذ رسیدند و اغلب در مناطق ایگا و کوگا در شرق دریاچه بیواء اقامت گزیدند (ادا نبون اگا) که می خواست تمامی نیروهای نظامی ژاپن را متحد نماید در سال ۱۵۸۱ ارتشی متشکل از ۴۶ هزار نفر را به جنگ نینجاها که ۴ هزار نفر بودند، فرستاد.
در این نبرد نابرابر اغلب نینجاها کشته و یا اسیر شدند و آن تعداد که توانستند، به کوه ها فرار کرده و با مردم کوهستان به تکمیل فنون مخصوص خود و هر چه کاربردی تر کردن آن پرداختند و هنرهای رزم خود را از پدر به پسر منتقل کردند.
