نینجوتسو ریشه در اثر کلاسیک نظامی چینی یعنی «سان تزو» دارد که توسط سان وو استراتژیست معروف سده پنجم پیش از میلاد به رشته تحریر درآمده‌است. این اثر در قرن ششم میلادی وارد ژاپن شد و به طور دقیق توسط دربار سلطنتی و خانواده‌های متخاصم مورد بررسی قرار گرفت.
بودیسم نیز تقریباً در همان زمان وارد ژاپن شد، پیشینیان نینجاها به دلیل گرایش به بودیسم، یاغی نامیده می‌شدند. درآن هنگام درگیری‌های شدیدی میان هواداران بودیسم و پیروان مذهب ملی ژاپنیها یعنی آئین شینتو جریان داشت و این گروه‌های یاغی که بعدها به یامابوشی معروف شدند، برای حمایت از خود تمرین هنرهای رزمی و استراتژی‌های نظامی را با ترس روانی و قدرت‌های اسرار آمیز ترکیب کردند.
پس ازآن نینجاهادرگروه‌های کوچک بادرپیشگرفتن روشهای کاملاً سری جنگی تا قرن نوزدهم خود را به عنوان نیرویی بسیار با نفوذ در کشور ژاپن مطرح کردند.
بزرگ ترین جمعت نینجاها درسوم نوامبر۱۵۸۱ میلادی اتفاق افتاد. در آن روز اُدا نوبونگا قدرتمندترین رهبر نینجا ارتشی ۴۰ هزار نفره را در برابر حدود ۴ هزار نینجا که کنترل ایالت ایگا ( در حال حاضر مه یی) را در اختیار داشتند، رهبری کرد. نبردی که تنها تعداد انگشت شماری از نینجاهای ایگا از آن جان سالم به در بردند.
از آن به بعد نینجاها توانستند با سازمان منسجمی که ایجاد کرده بودند، قدرت پلیسی مطلق را در ادو (توکیو امروزی) و دیگر شهرهای ژاپن در دست داشته باشند.
یکی از رهبران یامابوشی ها تلاش کرد که بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتوایسم صلح ایجاد نماید که نتیجه آن سرازیر شدن جنگجویان دولتی برای سرکوبی یاموبوشی ها شد. البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشی ها یا نینجاها به تکمیل فنون رزمی و جنگی خود که بوسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می کردند بپردازند. در سال ۱۱۹۲ با شروع دوران فئودال ژاپن تعدادی از طوایف فامیلی نینجاها منشعب شدند و به چریکهای حرفه ای و نیروهای سری تبدیل شدند که به استخدام اربابان ایـالات مختلف (دایمیوها) در می آمدند. در بین سالهای ۱۱۹۲ و ۱۳۳۳ بعد از میلاد تعداد مکتبهای نینجا به ۲۵ مکتب با تکنیک های خاص خود رسید. در اکثر این سالها دو ایالت (کوگا و ایگا) در ژاپن توسط نینجاها اداره می شد.
نینجاخانواده های (هاتوری، موموچی، و فوجی بایاشی) از معروف ترین خانواده های نینجا بودند. از تحقیقات بدست آمده عقیده بر این است که هنر رزمی نینجوتسو ریشه در قلب تاریخ کهن چین و ژاپن دارد، عقاید و نظرات فراوانی از شروع و گسترده شدن این هنر رزمی درجهان وجود دارد. هنر رزمی نینجوتسو با قدمت ۸۰۰ ساله ریشه در تاریخ دارد و در حقیقت هنری است که مسئولیت پذیری را می طلبد. یک هنرجوی نینجوتسو برای پیروز شدن نیازمند اصول اولیه است که از جمله برخورداری از روحی قوی، قلبی آزاد، هوشی سرشار، روحیه مبارزه طلبی و شرایط روحی عالی و تمرکز حواس میباشد . نینجاها یک سیستم و نظم خاص و دقیقی داشتند که توسط یک رهبر که به آن (جونین) می گفتند اداره می شد و به کسانی که به نینجاها ماموریت می دادند (چونین) می گفتند. به طبقات پائین تر که ماموریت انجام می دادند (جینین) می گفتند . جینین ها در واقع هیچگاه دستورات را بطور مستقیم از جونین دریافت نمی کردند بلکه چونین ها بعنوان واسطه بین جونین و جینین ها عمل می کردند و دستورات و پیامهای جونین را به جینین ها می رساندند.
نینجوتسوجینین ها برای انجام ماموریت با طرز استفاده اغلب سلاحهای زمان خود آشنائی کامل داشتند و روانشناسی جامعه را بخوبی می دانستند و با همدیگر از طریق رمز ارتباط داشتند. اگر احیانا یک نینجا به دام می افتاد و اسیر می شد (که بسیار کم رخ می داد) مردم او را زجر فراوان می دادند تا بتوانند اسرار آنها را بدست آورند. بعضی از خانواده های نینجا به دلیل جنگ داخلی (دایموها) به قدرت و نفوذ رسیدند و اغلب در مناطق ایگا و کوگا در شرق دریاچه بیواء اقامت گزیدند (ادا نبون اگا) که می خواست تمامی نیروهای نظامی ژاپن را متحد نماید در سال ۱۵۸۱ ارتشی متشکل از ۴۶ هزار نفر را به جنگ نینجاها که ۴ هزار نفر بودند، فرستاد.
در این نبرد نابرابر اغلب نینجاها کشته و یا اسیر شدند و آن تعداد که توانستند، به کوه ها فرار کرده و با مردم کوهستان به تکمیل فنون مخصوص خود و هر چه کاربردی تر کردن آن پرداختند و هنرهای رزم خود را از پدر به پسر منتقل کردند.
هاتوری هانزو
(در ژاپنی: 服部半蔵) (تولد:۱۵۴۲- وفات:۱۵۹۶), را شاید بتوان پرآوازه‌ترین شمشیرساز و استاد هنرهای رزمی ژاپنی تا به امروز نامید. از زندگی وی داستان‌های زیادی روایت شده‌است که بیشتر مبنایی تخیلی دارند، در این داستان‌های حماسی وی رییس گروه بسیار معروفی از نینجاهای ژاپنی بوده که برای مردم فقیر می‌جنگیدند.
زندگی هاتوری هانزو :
هاتوری هانزو در حوالی ۱۵۴۲ در استانMikawa در یک خانواده نینجا در منطقه ایگا متولد شد. او در پی رشد خانواده و گروه هاتوری برامد و همچنین به مقام جونین در گروه هاتوری رسید – گروهی که به یکی از گروه‌های مهم بین «ایگا ریو نینپو» تبدیل شد. او یک رهبر بزرگ و یک سازمان دهنده زیرک بود و زمانی که اویاسو دولت فئودال خود را در ادو (edo) برقرار کرد. در تاریخ ژاپن، هاتوری را بیشتر به علت کمک و وقف کردن خود به شوگون ایاسو توکوگاوا، به وجود آورنده (حکومت) توکوگاوا شوگونته که ژاپن را بین سالهای ۱۶۰۳ تا ۱۸۶۷ اداره کرد، می‌شناسند. او یک شمشیر باز فوق العاده ماهر و برای خاطر خداوند بود.در کوه‌های محیط Iga موسسه‌های بزرگی برای آموزش مهارت‌های نظامی بود. در حقیقت هاتوری هانزو فرمانده تاکتیک‌های نینجا شوگون و مشاور نظامی ارشد او بود.در بوهبوحه جنگ سویل (civil) که یکی از مهمترین جنگ‌های زاپنی‌ها بود هزاران نینجا در هر دو منطقه کوگا و اویگا وجود داشتند. بواسطه ارتباطات خویشاوندان و منافع ناحیه‌ای ائتلافی میان این نینجاها شکل گرفت. نینجاها طی دوران جبارانه پایانی عصر موروماچی (muromachi) به طور کامل توسط دایمیو (daimyo) (یکی از اشراف فئودال) به خدمت گرفته شدند. این روش در سراسر کشور رواج یافت. به عنوان یک حقیقت بعد از اینکه کوگا وایگا توسط ادانوبوناگا (odanobunaga) یکی از اربابان جنگی پر قدرت آن زمان فتح شد نینجاهای زیادی بودند که میخواستند زیر نظر یک دایمیوی ویژه داخلی فعالیت داشته باشند. هاتوری هانزو (hattori hanzo) یکی از خدمتکاران توکوگاوایاسو (tokugawaheyasu) طی دوران جنگی سویل بود که هنوز در توکیو از او یاد می‌شود هانزو را در مقر حکومتش در دروازه عقبی قلعه ادو به کار گرفت مقر حکومت درگوشه سمت راست جاده‌ای که به یاماناشی (yamanashi) ختم می‌شد قرار داشت. ایاسو هانزو را به عنوان محافظ دروازه منسوب کرد. هرچند که دیگر اثری از قلعه ذکر شده وجود ندارد ولی امروزه ناحیه‌ای که قلعه در آن قرار داشت ناحیه هانزومون (hanzomon) نامیده می‌شود. بعد از آنکه دولت ادو (edo) مستحکم و قوی شد دیگر نیازی به ادامه دست به دست شدن میراث نینجا و آموزش محارتها به صورت ویژهو موروثی نبود. به تدریج با تولد هر نسل جدید محو و محوتر شد. هنر نینجوتسو که در سرزمین کوهستانی سوزوکامتولد شده و طی جنگ سویل توسعه یافته بود در دوره صلح ادو (edo) محکوم به محو شدن بود
مرگ :
هاتوری هانزو افتخارات جنگی بسیاری دارد ولی مرگ خود را به دلیل یک حقه نینجا ملاقات کرد! او به وسیله شوگان برای نابودی فوما کاینین، یک گروه دریایی نینجا، فرستاده شده بود. گروه به فرماندهی هاتوری آنها را پیدا کرد و آنها را به شلیک توپ‌های سنگین بست، در همین حال آنها مشاهده کردند که یکی از قایق‌های صدمه دیده در حال آمدن به طرف آنهاست. هاتوری هانزو که می‌دانست کلک آتش گرفته می‌تواند باعث شعله ور شدن کشتی آنها شود، دستور به عقب نشینی داد. اما چیزی که او متوجه نشده بود این بود که افراد فوما کاینین به زیر کشتی آنها رفته بودند و پروانه‌ها را از کار انداخته بودند. در نتیجه این امر کشتی قادر به حرکت نبود و بنابراین افراد از ترس خود به درون آب پریدند، و آنجا بود که متوجه شدند کله منطقه آغشته به نفت است. اما این بسیار دیر بود، نفت مشتعل شد و کلیه افراد توکوگاوا که هاتوری نیز در میان آنها بود، در شعله‌های آتش سوختند ! او در کار با یاری (نیزه) بسیار ماهر بود و امروزه یاری او در معبد ساینن جی ژاپن نگه داری می‌شود. علاوه بر مهارت‌ها و رهبری او که باعث به زنده ماندن نام او شده‌است، نباید این نکته را که او به سیستم حکومتی نیز نزدیک بوده و توسط تاریخ نویسان نیز نامش ثبت شده، را نادیده بگیریم. و امروز مصنوعات هانزو میراث باقی مانده‌است. در زاپن موزهٔ مخصوصی برای شمشیرهای هاتوری وجود دارد که از خانوادهٔ او به جا مانده‌است. تکه کلام هانزو این بوده‌است: من واقعاستاره یاغی هستم اماهرگزدوست نداشتم.
ماساکی هاتسومی
سوک ماساکی هاتسومی متخصص اسخوان و سی و چهارمین استاد بزرگ از خاندان تاگاکور نینجا است او رهبری ۹ بوجین کان دوجو را در ژاپن به عهده دارد از جمله «مدرسه خدای شیطان ،خدای جنگجو،تالار روح و مرد جنگی » را میتوان نام برد ؛لقب اوسوک و جنگجوی بزرگ است که توسط تاکاماتسو به او داده شده؛دکتر هاتسومی می‌گوید:«در مقایسه جودو و کاراته ، نین جوتسو عقاید تعصب انگیزی ندارد. نین جوتسو هنر کامل و آزاد است که مسئولیت پذیری را می طلبد .یک هنر جوی نین جوتسو برای پیروز شدن ،نیازمند روحی قوی و قلبی آزاد است ؛استاد تاکاماتسو نیز می‌گوید :«زندگی تغییر است » و ما در نین جوتسو،تحول را یک اصل می دانیم تحولی که هنر را به کمال می رساند . سوک هاتسومی هر ساله برای پیشرفت و کاربرد بیشتر هنر نین جوتسو مراسمهای متعددی رابرنامه ریزی می کند. از جمله مراسمهای شی دوشی کای که اکثریت شرکت کنندگان آن خارجیان می باشند. این مطلب از کتاب خود استاد هاتسومی توسط کانچو فرجی ترجمه شده است که بصورت مختصر در این قسمت آمده است بر اساس تجربیات شخصی خودم به عنوان سی و چهارمین استاد هنر (رزمی) توگاکیور ? ریو نینجا (Togakure ryuninja)،به رشته تحریر درآورده ام. من این عنوان سوک (Soke) یا رئیس خانواده را از (توشیت سوگو تا کاما تسو (Toshisugu Takamatsu) سی و سومین استاد این رشته به ارث برده ام. معلم من نوه (شین ریوکن ماسامی تسوتودو (Shin ryuken Masami tsutodo) سی و دومین سوک (توگاکیور ریو) بود. ما پشتوانه ای از ۸ قرن تاریخ و سنت را دارا می باشیم که به موسس این سیستم دای سوکی نی‌شینا (Daisuke Nishina) از اهالی دهکده (توگاکیور) باز میگردد. پس از شکست از سپاهیان هایک (Heike) ، دای سوک از زادگاهش در ناگانو متواری شد و در منطقه دور افتاده ایگا (Iga) سکونت گزید. در آنجا او نام دای سوک توگاکیو را برگزید و بعدها اعتبار تاسیس سیستم (توگاکیور ریو) نینجوتسو، به او اختصاص یافت.